COVID-19 : ce que nous savons sur le nouveau variant

Le virus à l’origine de la COVID-19, le SRAS-CoV-2, est un type de coronavirus, une grande famille de virus portant ce nom en raison des pointes à leur surface faisant penser à une couronne. Le SRAS-CoV-2 est un grand virus d’ARN composé d’environ 30 000 nucléotides. Une caractéristique des virus ARN est leur imprécision relative dans le processus de réplication. Par conséquent, chaque nouvelle copie peut présenter des mutations stochastiques. Si la nouvelle mutation favorise le virus au sein de l’hôte ou a un avantage concurrentiel sur les autres souches déjà en circulation, elle pourrait devenir la forme dominante. C’est ce qui se passe au Royaume-Uni (UK) où un variant détecté pour la première fois le 20 septembre 2020 est apparu et est déjà la forme la plus répandue dans le pays.

À l’heure actuelle, ce nouveau variant est appelée « SARS-CoV-2 VUI 202012/01 » (c.-à-d. variant faisant l’objet d’une enquête depuis décembre 2020). Des termes comme « variant », « souche » et « mutation » sont utilisés de façon interchangeable par la presse et la communauté scientifique. Le variant est aussi souvent appelée B.1.1.7 du nom de son groupe phylogénétique distinct.

VUI 202012/01 a été identifié pour la première fois par séquençage du génome viral à Londres et dans le sud-est de l’Angleterre. Ce variant se distingue par de multiples mutations de la protéine de transitoire (délétion 69-70, délétion 144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H) ainsi que par des mutations dans d’autres régions génomiques. La mutation la plus courante de ce variant, N501Y, est sur la protéine de pointe responsable de l’infection des cellules humaines.

Pourquoi ce variant est-il plus transmissible ?

Il est fréquent de voir plusieurs variantes du même virus; c’est pourquoi nous avons un vaccin antigrippal différent chaque année. Les nouvelles souches ne signifient pas que le virus est plus nocif, et il n’y a actuellement aucune preuve que cette variante provoque une maladie plus grave ou une mortalité plus élevée. Nous savons aussi que la mortalité est un indicateur retardé, qui devra être évalué au cours des prochaines semaines. Toutefois, les données actuelles montrent que les taux d’infection dans les zones géographiques où le VUI 202012/01 circule ont augmenté plus rapidement que prévu, et la preuve de modélisation a démontré que ce variant a un taux de transmission plus élevé que les variantes répandues actuellement. Les raisons pour lesquelles cela se produit peuvent être multiples.

B.1.1.7 présente un nombre exceptionnellement élevé de mutations, en particulier sur la protéine transitoire. Trois de ces mutations ont des effets qui pourraient expliquer le taux plus élevé de transmission de la variante :

  • La mutation N501Y se produit dans l’un des six principaux résidus du domaine de liaison des récepteurs (RBD) et a été décrite comme ayant une affinité de liaison croissante avec le récepteur ACE2 humain et murin (le récepteur d’entrée pour le virus).
  • La délétion de protéine de pointe 69-70 del conduit à un changement conformationnel dans la protéine de pointe, qui s’avère augmenter l’évasion à la réponse immunitaire humaine.
  • La mutation P681H est adjacente au site de clivage des furines S1/S2, un site où la variabilité des coronavirus est élevée.

Cette affinité globale accrue du nouveau variant pour les cellules humaines signifie que si vous respirez cette souche de la COVID-19, il y a de plus grandes chances d’infection car elle se lie plus facilement aux cellules. En outre, il semble également que ce variant est meilleure pour échapper au système immunitaire, ce qui signifie que les mécanismes de défense standard ne seront pas aussi efficaces.

Cette nouvelle souche affecte-t-elle la détection du virus ?

Certains laboratoires de diagnostic au Royaume-Uni ont signalé que la délétion 69-70del dans la protéine de spicule provoque des résultats négatifs aux tests RT-PCR pour le gène S. Cependant, les essais ciblant ce gène spécifique ne sont pas largement utilisés pour la détection primaire. Un seul essai ciblant le gène S figure sur la liste des essais publiés par l’OMS. Étant donné que les mutations sont plus susceptibles de se produire dans ce gène, il n’est pas recommandé de se fier uniquement au gène S pour la détection primaire de l’infection par le SRAS-CoV-2.

Les vaccins protégeront ils contre ce variant?

Il n’existe actuellement aucune preuve que les vaccins actuellement déployés ne protégeraient pas la population contre la nouvelle souche. Les scientifiques affirment qu’un changement dans l’efficacité des vaccins est peu probable. Cependant, il n’existe pas encore de données sur la capacité des anticorps induits par les vaccins en cours de développement à neutraliser ce variant. D’autres recherches en laboratoire sont en cours pour obtenir une caractérisation phénotypique détaillée de la nouvelle souche, et les résultats sont attendus dans les prochaines semaines.

Sources

  1. https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/SARS-CoV-2-variant-multiple-spike-protein-mutations-United-Kingdom.pdf
  2. https://virological.org/t/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike-mutations/563
  3. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/transmission/variant.html
  4. https://virological.org/t/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike-mutations/563